Bem, infelizmente nunca tive uma Abelha Rainha e não posso dar certeza, mas pelo que li a carta descartaria o uso de gemas nas habilidades. Porém, se for necessário usar mais de uma gema (2 ou 3), a carta apenas excluirá o uso de uma delas.
Por ex: Você precisa de 1 gema azul, 1 gema amarela e 1 gema vermelha. Se estiver de Abelha Rainha, poderá usar a habilidade utilizando apenas duas dessas gemas, descartando o uso de uma. Se você não possuir gemas amarelas no seu inventário, mas possuir as outras duas, a habilidade funcionará normalmente.
Novamente, não posso afirmar, mas sempre li dados que diziam isso...