Ela funciona assim mesmo. Você tem duas opções :
1)Prestar mais atenção ao tempo e ter certeza de só usar quando o buff acaba
2)Usar a skill no lv 3 pois a duração é exatamente igual ao tempo de recarga. Assim você sempre tem certeza de não usar ela sem efeito
Edit/Obs : A skill também da um bonus de MATK que depende do lv usado. Então a segunda opção te da menos dano que a primeira, apesar de ser mais simples