Não é exatamente à cultura Otaku.
As três crianças sim representam a juventude japonesa na "década perdida" japonesa. Temos muito da insegurança que os jovens tinham em um Japão com futuro incerto. Em especial também a vibe niilista existencialista que tomava conta no Japão nessa década (bastante representado na personagem da Rei).
Mas isso não é complexo, é uma crítica que pode ser interpretada com conhecimento do cenário em que surge Evangelion.
Complexo por exemplo (pelo menos na definição que propus para algo complexo) são páginas abertas para interpretação. O final de End of Evangelion é complexo por permitir ao telespectador interpretar. O resto do anime fornece as coisas como elas são (os episódios 25 e 26 não tem nada de complexo, são apenas difíceis).
Do meu ponto de vista a GRANDE mensagem mesmo de Evangelion é basicamente uma releitura do conceito de angústia de Kierkgaard (O Anno já leu muito esse filósofo) que seria algo como: "Todo mundo é livre para machucar uns aos outros, o fato da gente escolher não machucar o outro e a nós mesmos é que torna a convivência algo que merece ser vivido". (Isso é bem forte na cena final na qual a Asuka, após a Instrumentabilidade Humana e sabendo o que o Shinji fez, segura seus braços com carinho e termina dizendo "気持ち悪い" (Kimochi warui - Que sentimento ruim, ou "how disgusting" como a maioria traduziu)).
Mas claro, isso tudo é do meu ponto de vista. O que o autor quis dizer só o autor sabe.